Únorový puč zastihl Jana Masaryka unaveného a nemocného. Prohlásil, že jde s lidem a že si ještě rád zavládne. Mluvil však o svém lidu, který vždy miloval a který lnul také k němu. Jako nekomunista nepostihl, že přes noc se stal výraz „lid“ díky oficiální komunistické propagandě čímsi zcela jiným. Pro svoji nemoc se Masaryk načas zavřel v Černínském paláci. Se strhanými rysy pak protrpěl slavnostní hold svému otci v den narozenin 7. března na Staroměstském náměstí, kde musel od nové vlády přijmout vyznamenání udělené T. G. Masarykovi. Po slavnosti postál nad hrobem rodičů v Lánech.
Po návratu Jana Masaryka do Prahy se do jeho života chystali zasáhnout lidé pracující pro nový režim.
Řetězec událostí, na jejichž konci byla smrt Jana Masaryka, započal vniknutím skupiny pěti osob neuzamčenými dveřmi do bytu Jana Masaryka v době, kdy spal. Započali s domovní prohlídkou a vyděšený ministr se jim, neoblečen, neobut, snažil v prohlídce zabránit. Dostal políček, byl vyzván, aby se oblékl a šel s nimi. Jan Masaryk podlehl panice a začal křičet, že se raději zabije. Rozběhl se k oknu koupelny sousedící s jeho ložnicí. Jeden z mužů se jej snažil pravděpodobně umlčet, přitiskl mu na obličej polštář, ale Masaryk se vytrhl, polštář spadl na zem a Masaryk vylezl na okno koupelny čelem do místnosti se svezl dolů na římsu pod oknem. Poškrábal se přitom o spodní část okenního rámu. Po římse postoupil vlevo a pravou rukou se ještě přidržoval svislé vnitřní části okna. Zřejmě se ho některý z mužů snažil uchopit za ruku a zadržet, ale Masaryk se mu vytrhl a přitom ztratil rovnováhu. Když zjistil, že se na římse neudrží, odrazil se a vyrovnal tak polohu těla, takže na nádvoří dopadl na svislé vzpřímené poloze rovnou na bosá chodidla a přivodil si okamžitou smrt.
Muži z komanda zjistili, že je mrtev, ale přitom ještě rychle dokončili prohlídku, schovali nalezené zlato, valuty, písemnosti, které našli na půdě a předem zajištěnou přístupovou cestou v tichosti opustili Černínský palác.
Některé věci odevzdali a část si ponechali, očekávajíc události věcí příštích. Masarykova smrt sice byla vyhlášena za sebevraždu, úředně, ale za tři dny se o ně zajímá Bezpečnost. Proto se rozhodují uprchnout do Německa, jak bylo ujednáno podle předem stanoveného plánu.
Celá skupina odešla za hranice kromě jiného s cílem sledovat a provádět rozbroje mezi emigrací, podávat o ní zprávy a připravovat akci vedoucí k likvidaci těch, kteří byli dávno před únorem 1948 z části vytipováni jako potenciální nepřátelé režimu.
Tak zní nejpravděpodobnější verze smrti Jana Masaryka. Ať to však bylo jakoliv, život tohoto vzácného člověka byl zmařen. Národ truchlil pro velkého člověka. truchlit mohli ještě znovu a znovu pro nesmyslnost a zrůdnost režimu, který se vkradl mezi lid a začal páchat zlo.
